銀行ATM機一次只能存1萬，而你5萬需要分5次存，而且每次都是需要確定金額，核對好存款信息之后才會辦理，所以根據你問題描述，出現存5萬變成4.7萬，遇到這種奇葩只是必然存在問題，那該怎么辦？

5萬元通過銀行ATM機存入后少3000元，遇到這種事最大可能性就是你自己記錯了，或者說你5萬元在存款之前被誰拿走了3000元，一段兩種可能性最大。

因為你在ATM存一次存1萬元，每次存需要確定一次，假如最后一次確定只有7000元存入，肯定是你自身問題。

如果你確定5次都是存入5萬，那自然就是銀行系統存在問題，當然可以直接聯系銀行，當場發生問題，都可以第一時間聯系的，反饋你的問題，銀行會幫助你處理的。

現在是科技時代，你在銀行ATM存款都會有信息記錄的，你可以聯系銀行把當天的存款詳細情況看一遍。

如果你確定存入5萬，而你入賬的只有4.7萬，銀行肯定會幫助你補回3000元的。如果你只存入4.7萬，堅定存入5萬元的話，相信誰都幫不了你，一切都是以證據為主。

總之遇到你這種事，存款憑證也是4.7萬，銀行系統也沒有錯，而你又說5萬，最好的辦法就是你自查原因，實在查不到原因你可以選擇報警，報警來幫助你解決這件事。