二者的區(qū)別在于：

一、保證金存款是一種質(zhì)押擔(dān)保方式，而普通存款則沒有擔(dān)保。

根據(jù)最高法的司法解釋，保證金存款屬于質(zhì)押擔(dān)保，占有人是銀行，出質(zhì)人不得隨意動用；而普通存款的占有人是存款人，存款人有權(quán)自由支配。

二、法院執(zhí)行規(guī)定不同。

在法院執(zhí)行時，對于出質(zhì)人保證金賬戶中的存款，可以凍結(jié)但不能劃扣。如果保證金有對應(yīng)的銀票、信用證等擔(dān)保，也不能凍結(jié)。必須等到其質(zhì)押解除后，方能劃扣。而存款人普通賬戶上的存款，法院可以直接執(zhí)行劃扣。

三、存款利率不同。

由于有質(zhì)押屬性，銀行會專門制定保證金存款利率，這個利率通常低于銀行正常的對外掛牌利率；普通存款則按對外掛牌價執(zhí)行。

四、轉(zhuǎn)出憑證不同。

保證金存款轉(zhuǎn)出，不需要客戶發(fā)出指令，而是憑銀行內(nèi)部的聯(lián)系單；普通賬戶對外轉(zhuǎn)出，需要客戶下達(dá)指令，并提供相關(guān)銀行憑證。